Claramente las barras de SEAT levantan sobre los railes de forma importante lo que evita los posibles problemas que comentas. Yo que como comentaba uso Thule, si me valen los pies antiguos para railing, los 757 también levantan sobre los railes mas que los de CRUZ y además abrazan por debajo el rail lo que es mucho mas seguro. En cuanto al portaesquis y su altura, mi Thule lleva unos tacos de plástico que van dentro del portaesquis donde los tornillos de fijación. Estos tacos e pueden dejar dentro del portaesquis o colocar entre el portaesquis y la barra, lo qe hace que el portaesquis quede calzado y elevado sobre la barra unos 4 0 5 cm. Esto esta previsto para evitar que los esquís peguen en el techo en el caso de que las barras sean muy bajas o las fjaciones de los esquís sean muy prominentes. Creo recordar que si buscáis en el web de Thule el portaesquis y veis las instrucciones de montaje venia descrito este sistema.
En esta página puedes ver en las fotografías el sistema de calzos para elevar el portaesquis, aunque el mío es antiguo es lo mismo
Thule SnowPack | Thule | España
Y también esta descrito en las instrucciones